Deel twee draait om autonomie van het individu. Autonomie wordt omschreven als de ruimte waarbinnen een individu zelf kan beslissen. Daarom hebben we het voortaan over de autonome ruimte. Een ruimte laat zich kennen door grenzen. De grenzen van de autonome ruimte worden zichtbaar als een ander over die grenzen gaat. De ander wil dan iets beslissen waarvan het individu vindt dat hij of zij er zelf over gaat.
De grenzen worden dan zichtbaar doordat het individu een vorm van boosheid of angst krijgt. Boos wordt hij of zij als deze meent sterker te zijn dan de ander, angst als ingeschat wordt dat de ander sterker is.
Nu is het zo dat voor elk organisme – dus ook voor een mens – zijn voorbestaan het belangrijkste is. Daarvoor zijn voldoende veiligheid en voeding nodig. Daar draait het om. Er zijn twee manieren om de omstandigheden ervoor zo goed mogelijk te maken. De eerste is dat je sterker moet zijn dan de ander. De tweede methode is om in een groep van gelijkgestemden te zijn, als je het tenminste voordelen oplevert. Een leeuw bijvoorbeeld vindt het niet zo belangrijk, maar een mier en de mens daarentegen kan niet zonder de veiligheid van een groep. Een groep biedt ook meer mogelijkheden voor de voedselvoorziening.
Dit deel gaat uitgebreid in hoe een groep en een verzameling van groepen – een samenleving – functioneren. Hierin spelen gelijkwaardige en ongelijkwaardige wederkerigheid een belangrijke rol.
Door deze manier van analyse, kunnen we ook op een vrij eenvoudige manier formuleren wat vrijheid, vrije wil, goed en kwaad en rechtvaardigheid inhouden. Echter het in de praktijk brengen van deze begrippen is andere koek. Er worden argumenten aangedragen voor het feit dat een zuivere of echte rechtvaardige maatschappij niet haalbaar is. Het blijft altijd behelpen. Dat wil niet zeggen dat we niet moeten streven naar een maatschappij die zo rechtvaardig mogelijk is. Hoe dat kan legt deel drie van “Emoties ontrafeld” uit.